故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中(zhōng )，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的(de )儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自(zì )外(wài )国的红发转学生明日香（宫村(cūn )优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地(dì )的变化。此外，在原作中高大帅气(qì )的初号机，也将以娇小可爱的形象(xiàng )，作为(wéi )学院的一份子出(chū )现在动画中。　　动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改(gǎi )原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采(cǎi )用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。